Родился в 1885 году. Свыше тридцати лет жизни посвятил делу развития азербайджанской национальной музыкальной культуры, работал в школах, народных хорах. Еще до 1917 года он был одним из первых, после Узеира Гаджибекова, создателей азербайджанской оперы.
После Великой Октябрьской социалистической революции Магомаев стал выдающимся музыкально-общественным деятелем Азербайджанской ССР.
Опера «Шах-Исмаил» — первое крупное произведение Магомаева — была создана и поставлена в Баку в 1916 году. Сюжет ее сказочно-легендарный. В основе музыкального материала лежит народная музыка Азербайджана. Как и большинство ранних азербайджанских опер, «Шах-Исмаил» не существовал в полной, точно зафиксированной нотной записки. Значительная часть музыки оперы была рассчитана на свободную импровизацию артистов в заданном композитором определенном ладе.
«Нэргиз» — первая азербайджанская опера на современную советскую тему. В 1938 году она с успехом была исполнена в Москве на декаде азербайджанского искусства.
Магомаеву также принадлежат рапсодии «На полях Азербайджана», «Тураджи», «Джейран». Кроме того, композитор — автор ряда песен, маршей и других произведений.
Муслим Магомаев умер в 1937 году