Со школьных лет Шуберт сочинял также хоровую музыку: духовные произведения, светские кантаты, много хоров и ансамблей для бытового музицирования, в частности излюбленные в немецком и австрийском быту мужские хоры и квартеты (всего более 100). В хоровых сочинениях его индивидуальность выявилась слабее, чем в сольной песне и инструментальной музыке. Кроме того, здесь больше, чем в инструментальных партитурах, ощутимо недостаточное владение полифоническим письмом. И тем не менее и в этой области у него есть интересные достижения.
Художественный интерес представляют две мессы Шуберта — As-dur (1822) и Es-dur (1828).
Подобно Бетховену, Шуберт не интересовался культовым содержанием мессы. В двух названных шубертовских мессах совсем нет мистического настроения. Они пронизаны духом беспокойных исканий. Литургический текст местами трактован так вольно, что исполнение этих месс становится несовместимым с требованиями церковной службы. В обоих произведениях встречаются отдельные эпизоды, близкие психологическим романсам Шуберта. Образы и художественные приемы месс отличаются своеобразным, неповторимым характером.
Исключительно разнообразна по художественным замыслам и исполнительскому составу светская хоровая музыка Шуберта — произведения для мужского хора или ансамбля, хора a cappella, хора с сопровождением оркестра или фортепиано. Бесспорная историческая заслуга композитора заключается в том, что в эпоху, когда в светском искусстве господствовали сольное пение и инструментальная музыка, он сохранил прекрасные традиции национальных многоголосных ансамблей и, в известном смысле, подготовил хоровое начало будущей национально-романтической оперы Германии и Австрии.
Творчески значительны и оригинальны два хоровых «романса» Шуберта: «Песнь на свободе» на текст Caлиса (1817) и «Песнь духов над водами» на поэму Гёте, существующая в трех редакциях (1817, 1820, 1821, последняя с участием солистов и струнного оркестра). Эти произведения далеки от типа многоголосного ансамбля, распространенного в австрийском и немецком быту. Они не имеют прототипов в современном Шуберту искусстве. Посредством необычайной в хоровой музыке красочности гармоний, благодаря смелости и разнообразию модуляций, ритмической свободе Шуберт достигает поразительных психологических и эмоциональных эффектов. Иногда эти произведения сравнивают с хоровыми лирическими мадригалами эпохи позднего Возрождения.
Особый интерес представляет упомянутая выше незаконченная оратория «Лазарь» (1819—1820).
Впоследствии Мендельсон, испытывая отвращение к вульгарным развлекательным требованиям современного оперного театра, обратился к оратории, чтобы воплотить в ней свои высокие музыкально-драматические идеалы. Шуберт пятнадцатью годами раньше проделал этот путь. Все, что влекло Шуберта именно как оперного композитора, он осуществил в первом действии своей незаконченной оратории. По сохранившимся эпизодам можно судить о том, как смело Шуберт предваряет в ней будущую музыкальную драму, опередив не только «Эврианту» Вебера, но и «Тангейзера» и «Лоэнгрина» Вагнера. Но уже во втором действии Шуберт впадает в привычный театральный стиль. Возможно, что осознание разрыва между уровнем первого действия и шаблонным характером последующих сцен побудило композитора отказаться от завершения своей «ораториальной драмы».
Поворот в области хоровой музыки произошел у Шуберта в конце жизни, после тщательного ознакомления с партитурами генделевских ораторий. Под их воздействием он написал героическую кантату «Победная песнь Мириам» на текст Грильпарцера (1828). Заинтересовавшись хоровой музыкой, Шуберт даже договорился с теоретиком Зехтером об уроках контрапункта. Произошло это, однако, буквально накануне смерти композитора, и новые замыслы его в области хоровой музыки остались невоплощенными.